הספר נקרא על שמו של יהושע בן נון, שהנהיג את עם ישראל בתקופה המתוארת בספר. מסופר בתנ"ך שמשה הוא שנתן ליהושע את שמו: ”וַיִּקְרָא מֹשֶׁה לְהוֹשֵׁעַ בִּן נוּן יְהוֹשֻׁעַ“ (במדבר יג, פסוק טז). חז"ל מפרשים את השם כתפילה של משה על יהושע: ”יה יושיעך מעצת מרגלים“ (בבלי, מסכת סוטה – דף לד, עמוד ב), בספר נחמיה, בלשון העברית המאוחרת של שבי ציון נהגה שמו בהשפעה ארמית ללא תוכית ה' ,בצורה: ”יֵשׁוּעַ“ (נחמיה ח, פסוק יז).