"אין משכירין בתים בירושלים מפני שהן של שבטים ר"א בר"ש אומר אף לא המטות עורות של קדשים בעלי אושפיזין באין ונוטלין אותן בזרוע" (תוספתא/מעשר שני/א#הלכה יא)
כיום מקובל לגזור את השם ירושלים מהשורש י־ר־י/ה, שמשמעו הקמה (של עיר או יישוב) שנוצרה בידי האל הכנעני שָׁלֵם.[2][3] שהיתה לבירתו של מלכי־צדק מלך שלם. משנכבשה בידי דוד החלה להקרא: ”מְצֻדַת צִיּוֹן--הִיא, עִיר דָּוִד“ (שמואל ב׳ ה, פסוק ז). משמעות השם היא לפיכך "עיר שהוקמה על ידי (או: לכבוד) האל שָׁלֵם".[4] עד תקופת בית שני נהגה השם בתנועת e בהברה האחרונה. הגייה זו מיוצגת בצורת הכתיב המקראי ירושלם, וכן בתעתיקים בשפות זרות (מצרית, ארמית, יוונית). לקראת סוף תקופת בית שני (או אף מאוחר מכך) השתנתה תנועה זו לדיפתונג ay, באנלוגיה לשמות מקומות עתיקים המסתיימים בדיפטונג זה (שמרַיִן, אדורַיִם).
תיבת "ירושלם" מופיעה לראשונה בכתבי המארות המתוארכות למאות 18-19 לפנה"ס בצורה ꜣwšꜣmm (אַוְּשׁאַמם),[5] המשוחזרת U)RUSHALIMUM).[6] מאוחר יותר מוזכרת היא במכתבי אל־עמרנה בצורת ú-ru-sa-lim.[7]
יעקב קליין כותב על כך במאמר "מקור השם 'ירושלים' ומשמעותו": "אפשר שההידמות הזו הושפעה מצורות זוגי אמיתיות בשמות גיאוגרפיים מסויימים, כגון קריתים, עינים ועוד. בכל השמות הגיאוגרפיים הסופית הלוקטיבית "ים" היא תוספת לבסיס של השם. לא כן בשם ירושלם/ירושלים. כאן המי"ם הסופית הייתה במקורה חלק בלתי נפרד מן הבסיס של השם... עלינו להניח אפוא כי המי"ם השורשית בשם 'ירושלם' נתפסה כמי"ם הלוקטיבית, והתפתחה לצורת הסיומת דמויית הזוגי, באנלוגיה לשמות הגיאוגרפיים האחרים".
בתנ"ך (בכל המקומות מלבד חמישה[8]) הכתיב הוא "ירושלם", אך הניקוד הטברני (המאה ה־8 לספירה) מורה לקרוא "ירושלים" כאשר החיריק נמצא ללא האות יו"ד שאמורה להיות מעליו.