שם העיר אמנם נזכרת פעם אחת במקרא, אך כפי שניתן לראות בפסוק, זו אינה העיר המכונה כיום צפת: ”וַיֵּלֶךְ יְהוּדָה אֶת-שִׁמְעוֹן אָחִיו וַיַּכּוּ אֶת-הַכְּנַעֲנִי יוֹשֵׁב צְפַת וַיַּחֲרִימוּ אוֹתָהּ וַיִּקְרָא אֶת-שֵׁם-הָעִיר חָרְמָה.“ (שופטים א, פסוק יז)
משמעות שמה ומקורו עלומים (אולי מלשון מצפה, בעקבות היותה 'צופה על סביבתה' לפי מסורות עממיות מקור שמה נובע מראשי-תיבות: צבי. פאר. תפארת. וגם כאפשרות חלופית - ציצית, פאה, תפילין . ייתכן שהשם הקדום של צפת היה קריתים, היא קרתן שבתנ"ך, עיר הלוויים בנחלת נפתלי. ומתוך ידיעה (1691) מצוין כי יהודי העיר קראו לעירם בית אל [1]. בערבית תיבת סַ'פַד صفد משמשת (בנוסף לשם של מקום) בהוראת הפועל - 'לקשור', וכשם עצם - 'שלשלאות','שרשראות' .
העיר צפת היא אחת מערי הגליל שביצר יוסף בן מתתיהו כדי להגן על הגליל מידי הרומאים. לאחר חורבן בית שני התיישבו בצפת משמורת הכוהנים יקים המוזכרת בעיר עוד בתקופה הביזנטית.
רש"י על דברי הימים ב ג טו: "והצפת" - הוא צפוי כמו ויצפה אותם זהב כלומר היה עשוי כמין כובע חלול ועביו חצי אמה מלמטה וכשהופכו ונותנו על העמוד נמצא העובי חצי אמה הרי י"ח אמות (ובמלכים א' ז') קורהו כותרת לשון כתר כדכתיב ושתי כותרות וגו'.
מצודות דוד על דברי הימים ב ג טו: "והצפת" - היא הכותרת האמור במלכים א' וקרויה צפת לפי שהיתה צפוי וכסוי על העמוד ממעל.