מקור השם בוסניה הוא על שם הנהר בוסנה ששמו גזור מהשורש 'בוס' שמשמעותו בשפות הודו-אירופיות רבות היא "מים זורמים".
מקור השם הרצגובינה: ב-1440, האזור נשלט על ידי השליט סטייפאן ווקציץ' קוסאצ'ה (Stjepan Vukčić Kosača). אותו שליט קרא לעצמו בכמה שמות, ביניהם "הרצוג (בגרמנית: דוכס) של סנט סאוה", הלורד של חאום ופרימוריה, והדוכס הגדול של ממלכת בוסניה. האזור בו שלט נקרא מאוחר יותר בשם אדמת הרצוג או הרצגובינה.