תשמו"ץ מן שורש סתר בהשפעת יוונית μυστήριον: שורש המילה מסתורין הוא אמנם ס־ת־ר, ואולם מקורה מיוונית: Mystērion) μυστηριον) שפירושה סוד, פולחנות נסתרים. מאותו מקור שאבו גם שפות רבות אחרות את המסתורין שלהן.
בתלמוד המילה נכתבת בדרך כלל, בעקבות היוונית, בטי"ת: מסטורין, אך גם בתי"ו: מסתורין, אות לקשר שלה עם השורש העברי.
