שורש המילה מסתורין הוא אמנם ס־ת־ר, ואולם מקורה מיוונית: Mystērion) μυστηριον) שפירושה סוד, פולחנות נסתרים. מאותו מקור שאבו גם שפות רבות אחרות את המסתורין שלהן.
בתלמוד המילה נכתבת בדרך כלל, בעקבות היוונית, בטי"ת: מסטורין, אך גם בתי"ו: מסתורין, אות לקשר שלה עם השורש העברי.
מילים נוספות בעברית חודשו על בסיס שורש בעל משמעות בעברית מחד גיסא, ודמיון המשמעות והצליל למילים לועזיות מאידך גיסא (גאון - genious; מסכה - mask ועוד).
