בשל ההקשר לבשר בשני המופעים, נהוג לפרש את המילה 'מרק' במקרא כ'רוטב הבשר' (עפ"י מילון קדרי) או כ'תבשיל נוזלי העשוי בשר' (עפ"י מילון קאהלר ובאומגרטנר). במשמעות דומה קיימת מילה ערבית: مَرَقَة(מַרַקַה) - רוטב, תבשיל. יש הגוזרים משורש ר־ו־ק או ר־י־ק בהוראת: להערות, לשפוך, להוציא נוזלים.
בספר השורשים לרד"ק, המילה מרק מקושרת לפועל לְמָרֵק: "וכן נקרא למים שנתבשל בהם הבשר מָרָק לפי שיש בו מריקת הבשר" (הכוונה כנראה לשטיפה או צחצוח במים). לעומתו, רוביק רוזנטל טוען כי אין קשר בין המילים למרות שורשן המשותף.
1. מההקשר במקרא ברור שהכוונה לסוג מסוים של נקיון. חז"ל פירשו שהכוונה: שטיפה היטב.[1] אחרים פירשו: "להבריק", ע"פ החילוף בין המילים "מָרוּק" (דה"ב ד,טז) ל"מְמֹרָט" (מל"א ז,מה), וכן הוראת המילה בארמית: מרק וסורית: ܡܪܵܩܵܐ (מְרָקָא). אחרים פירשו שהכוונה שפשוף, ע"פ השוואה לאכדית: 𒈠𒊏𒆪 marāqu - לשפשף, להבריק. סורית: ܡܵܪܹܩ (מָרִק) - להסיר ע"י שפשוף, לטהר.
יש אומרים ששורש מ־ר־ק הוא שורש תנייני משורש ר־י־ק (כמו הריק). ייתכן שקרוב לשורש מ־ר־ח, השוו ערבית: مَرَخَ (מַרַכַ) - לשפשף, למשוח.
2. לפי חלק מהפרשנים המילה באה בהשאלה ממירוק כלי (רמב"ם) ומובאות רבות בחז"ל מתאימות לפירוש זה. לדעת אחרים לשון הרקה שבפעולתו שופך ומרוקן דם הקרבן מגופו (הון עשיר).
תרגום יונתן: וְאִין בְּמָנָא דִנְחָשָׁא תִּתְבַּשֵׁל וְיִסְתְּפַן בְּגַרְגִישְׁתָּא וְיִשְׁתְּטִיף בְּמוֹ - ואם בכלי נחושת תתבשל וישופשף בגוש אדמה וישתטף במים.
רש"י ואב"ע: ומורק: לשון "מרקו הרמחים" להוציא בליעתו כי המ"ם שורש.
הכתב והקבלה: ומרק. (א) לשון ההרקה, להוציא מה שבלוע בו. כמו ואת המרק שפוך (שופטים) ומרק פגולים כליהם (ישעיה מ"ה), ונקראו המים שנתבשל בהם הבשר מָרָק, לפי שיש בו מריקת הבשר, וכן תמרוקי נשים שמריקין הזוהמא מן הבשר, גם מרקו הרמחים שיוציאום מתעריהן, גם נחושת מרוק שהוציא ממנו העפרורית והוא נחשת טוב, ויאמר כאן על הוצאת הבלוע בו ואין זה אלא ע"י הגעלה בחמין (רנ"ו), (ב) וי"א תמצית שרש מרק הוא חרירה ובשול.
”כל ידות הכלים שהכניסן שלא כדרכן או שהכניסן כדרכן ולא מרקן או שמרקן ונשברו הרי אלו חוצצין“ (משנה, מסכת מקואות – פרק י, משנה א) על פי הנ"ל בפירוש המילה כאן נחלקו י"מ לשון שטיפה וי"מ לשון גמר ההכנסה (רמב"ם ור"ש מקוצי).