המילה מופיעה פעם אחת בלבד במקרא: ”הַדּוֹר אַתֶּם רְאוּ דְבַר ה' הֲמִדְבָּר הָיִיתִי לְיִשְׂרָאֵל אִם אֶרֶץ מַאְפֵּלְיָה מַדּוּעַ אָמְרוּ עַמִּי רַדְנוּ לוֹא נָבוֹא עוֹד אֵלֶיךָ?“ (ירמיהו ב, פסוק לא). פירושה המקורי היה כנראה "חשכת ה'" וכך היא קיבלה משמעות של חשכה כבדה. שם־עצם יחידאי אחר שבו קיימת הסיומת התאופורית יָה הוא שלהבתיה. במאמרו "בעקבות הלשון והספר פרק ח'" מוסר קוטשר כי בקרב מעתיקי המקרא הקדמונים התעוררה השאלה האם יש להעתיק את המילה כשני תיבות בצורת: "מאפל-יה" ,לבסוף הוחלט כמופיע לעיל "מאפליה" כ-תיבה אחת.
רד"ק: "מאפליה מלה אחת, בשוא הלמ"ד ונקודתם מחלוקת בין הספרי'. יש ספרים שנקוד' מַאְפל' המ"ם בפתח והאל"ף בשוא, ויש ספרי' שנקוד בהם מְאַפּליה המ"ם בשוא והאל"ף בפתח והפ"א דגושה. ופירוש ארץ אפל, ולהגדיל האפל סמך אותו למלת י"ה".
