את המונח תרגום אונקלוס ניתן לראות בפעם הראשונה בכתבי גאונים. שיוך התרגום לאונקלוס הינו על סמך התלמוד הבבלי: "תרגום של תורה אונקלוס הגר אמרו מפי ר' אליעזר ור' יהושע" (מגילה ג א) אך אם זאת יש ספק:
בתלמוד לא נאמר על קשר בין התרגום הארמי לתרגום אונקלוס. נכון שהתלמוד מביא ציטוטים מן התרגום הארמי אך בלשון "מתרגמינן" (אנו מתרגמים), ולא בשמו של אונקלוס.
בתלמוד הירושלמי אונקלוס מכונה עקילס. ממקורות יהודיים ונוצריים ידוע כי עקילס היה גר שתירגם את המקרא ליוונית וקשה להניח שאותו הגר תרגם את המקרא גם לארמית.