המילה הגיעה לעברית דרך אחת משפות אירופה. כפי הנראה מקור המילה בוולשית: pengwyn, צירוף של pen, "ראש", ו־gwyn, "לבן", כלומר "לבן־ראש". בשם זה נקראת בוולשית האלקה הגדולה, עוף דומה מאוד לפינגוין, שככל הנראה נקרא כך על שם הכתמים הלבנים הגדולים לפני עיניו, אף כי ראשו שחור. לפי סברה אחרת, מקור שמו של הפינגוין במילה הלטינית pinguis, "שָׁמֵן".